Bijleren met mijn werk

Een tijdje geleden stootte ik op een leerrijk en interessant filmpje op youtube. Eigenlijk was in het filmpje ook ineens een stuk van mijn werk te zien. Om jullie eens te laten proeven, hoe mijn werk er uitziet bekijk dan onderstaande filmpjes.

Dit zijn filmpjes van "Smarter Every Day" een zeer interessant en leerrijk kanaal op Youtube. Ik wist alleszins niet dat vlinders schubben hadden en hoe ze een bepaalde kleur kregen.

Groetjes 

Open source & Avogadro

Een tijdje geleden kwam mijn zus af met een lezing op Fosdem over "Tools for Computational Chemists". Uiteraard ben ik een al oor, zeker als het gaat over Open Source en Chemie. De lezing zelf ben ik niet gaan volgen omdat het waarschijnlijk toch over developing ging en ik daar geen snars van begrijp. 

Toch ben ik opzoek gegaan naar de inhoud en stootte op een leuke vondst. De personen die de lezing kwamen geven hadden een website genaamd Open Chemistry en daar vond ik veel informatie. Zij hebben ondertussen een programma geschreven, Avogradro, om molecules te tekenen, berekenen enz. 
"Avogadro is an advanced molecule editor and visualizer designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. It offers flexible high quality rendering and a powerful plugin architecture." 

Het is een geweldig programma en ik kan het alleen maar aanmoedigen om verder te doen. 

De meeste programma's waar je dit mee zou kunnen doen kosten stukken van mensen. Vaak krijg je die met korting als je werkt voor een bedrijf of zelfs stage doet maar dan nog kost het veel. 

Ik doe alvast mijn taak en dat is het woord verspreiden omdat veel chemici en vooral studenten onder ons dit wel kunnen gebruiken.  

Hier zijn enkele filmpjes om een beeld te krijgen wat je er mee kan doen:
- Voor de koffie junkies onder ons: het tekenen van een cafeïne molecule

Voor de meer (ingewikkelde) filmpjes en functies zoals voor energie-, frequentie-, optimalisatie-, single point, ... berekeningen (zaken die ik op school heb moeten doen) kan je hier terecht link.  

Voorbeeld: "A typical set of GAMESS calculations"

uitleg: "In this post I show the sequence of GAMESS calculations necessary to compute the free energy of the water dimer molecule at the B3LYP/6-31G(d)//PM3 level of theory. This notation means that the geometry and the free energy contribution is obtained with PM3, while the electronic energy is computed using B3LYP/6-31G(d) and the PM3 geometry. (By default the free energy is computed at 298.15 K and 1 atmosphere pressure.)"

Het is redelijk ingewikkeld, dus wil ik er niet eens aan denken om het uit te leggen. Misschien na mijn examens als alles goed verlopen is.

Groetjes

15 minutes of shame

hahahahahahahahahahahhahahahahahaha...... *even bijkomen en* hahahahahhahahahahhahahahahahhahahahhahahahahaaaaaa.....

Het is toch niet waar zekers. Na al die jaren heb ik perongeluk het filmpje gevonden waar ik mee op TV ben geweest. 

Aanschouw (ik begin te spreken vanaf 1min. 15sec.):

Het gaat over de Eurekas. Een Wetenschapscommunicatieproject. In het schooljaar van 2007 en 2008 namen mijn vriendin en ik deel aan dit project. Samen met nog een paar andere goede vrienden. 
Het ging zelfs zo goed dat we het origineelste experiment hadden en een prijs wonnen.
"De Award voor het origineelste experiment ging naar het Don Bosco Instituut in Haacht met Al blazend zuigen. Tijdens de presentatie toonden zij hoe je toch al blazend kan zuigen. Dat het niet zo eenvoudig was, bleek toen ze een van de toeschouwers hun uitvinding lieten proberen. De volgende uit het publiek was wel erg jong maar had gelukkig veel adem zodat iedereen kon zien hoe het ping pong balletje zweefde door te blazen."

Te grappig gewoon:

Foto's van de Eurekas Awards van 2007-2008 

een stuk van de "uitleg" van onze proef staat ook nog online. (hierzo)

Het is echt een stukje geschiedenis uit mijn leven en mijn schatje weet waarom!
Love you!!


groetjes

SI eenheden

Een tijdje geleden sprak ik met een collega op 't werk over wetenschap en filosofie. Ik bracht nog eens het onderwerp aan over de standaard kilogram en meter. Iets waar ik al eens over schreef in de post "Ingewikkeld maar ontward". Sinds ik dat schreef heb ik me al veel afgevraagd waar die dingen eigenlijk zijn, wie ze bewaard en hoe. Na even opzoeken ben ik tot wat interessant gekomen. 
Het Bureau international des poids et mesures (BIPM) gevestigd in Pavillon de Breteuil in Sèvres, Frankrijk, huisvest de zeven basis SI eenheden (Système International d'Unités) zijnde:

Afbeelding gehaald van http://nl.wikipedia.org/wiki/SI

• Ampére (A): meeteenheid van elektrische stroom
• Kilogram (kg): meeteenheid van massa
• Meter (m): meeteenheid van lengte
• Seconde (s): meet eenheid van tijd
• Kelvin (K): meeteenheid van thermodynamische temperatuur
• Mol (mol): meeteenheid van de hoeveelheid stof/substantie
• Candela (cd): meeteenheid van lichtsterkte

Deze eenheden spelen allemaal een zeer belangrijke rol in ons leven. Daarom worden ze ook onder zeer goede condities bewaart en mee om gegaan. Ook zijn er af en toe veranderingen. Zoals al eerder vermeld in een post, kwam de kilogram aan het licht toen ze het getal van Avogadro gingen onderzoeken. De eenheid voor de meter is ook verandert sinds 1960. Het is geen "stok" meer gemaakt van 90% platina en 10% iridium met inkepingen om de meter te bepalen. Het is nu gebaseerd op de afstand dat licht aflegt in vacuum gedurende een tijdsinterval van 1/299 792 458 van een seconde. Dit zou stabieler moeten zijn. Want materie, zoals het prototype van de kilogram, kan oxideren, vuil worden, instabiel worden en reacties ondergaan, massa verliezen of bijkomen, noem maar op, er kan van alles mee fout gaan.

Op de website van BIPM kan je veel informatie vinden. Ik zal kort zeggen hoe het nu gemeten wordt. Sorry voor de mensen die niet goed Engels verstaan.

• "The metre is the length of the path travelled by light in vacuum during a
  time interval of 1/299 792 458 of a second."
• "The kilogram is the unit of mass; it is equal to the mass of the
  international prototype of the kilogram."
• "The second is the duration of 9 192 631 770 periods of the radiation
  corresponding to the transition between the two hyperfine levels of the
  ground state of the caesium 133 atom."
• "The ampere is that constant current which, if maintained in two straight
  parallel conductors of infinite length, of negligible circular cross-section,
  and placed 1 metre apart in vacuum, would produce between these
  conductors a force equal to 2 × 10−7 newton per metre of length."
• "The kelvin, unit of thermodynamic temperature, is the fraction 1/273.16 of
  the thermodynamic temperature of the triple point of water."
• 1. "The mole is the amount of substance of a system which contains as many
  elementary entities as there are atoms in 0.012 kilogram of carbon 12; its
  symbol is “mol”."
  2. "When the mole is used, the elementary entities must be specified and may be
  atoms, molecules, ions, electrons, other particles, or specified groups of
  such particles."
• "The candela is the luminous intensity, in a given direction, of a source
  that emits monochromatic radiation of frequency 540 × 1012 hertz and that
  has a radiant intensity in that direction of 1/683 watt per steradian."

(informatie uit "si_brochure_8_en.pdf" gevonden op http://www.bipm.org/ 14/02/2013)

Er is nog veel meer informatie terug te vinden op de website en in de brochure van het BIPM voor geïnteresseerde die wat meer uitleg willen over de procedures, wetgevingen, ... .
Natuurlijk zijn er ook andere websites die het ook super goed uitleggen zelfs met filmpjes. Zoals de National Physical Laboratory (NPL) van Great Britain dat kopieën van de prototypes bewaart en bestudeert. 
Bijvoorbeeld de meter (en ook de rest zie hierzo) in het Engels, sorry.

Ik hoop dat het interessant was om te lezen. 

Groetjes

Lastige dagen

Er is toch redelijk wat gebeurt deze week en ze is nog niet eens om.

Vorig weekend stootte ik vanwege een snoezig, schattig poesje het laatste van mijn bier om over mijn laptop. Het gevolg is dat er enkele toetsen niet meer werken. 

Ik heb het na'venant wel gehad met deze laptop. Hij heeft al twee nieuwe schermen gekregen, een nieuw moederbord, de rechter muisknop doet het niet meer en nu dus ook enkele toetsen. Daarom heb ik besloten om een nieuwe laptop te kopen.

Hoe komt het eigenlijk als er een deel keyboard toetsen kapot zijn dat je toch nog een blog update typt? Dat is een goede vraag. Omdat ik redelijk lang moet wachten op mijn nieuwe laptop heb ik een zeer goedkope oplossing gevonden. Namelijk een flexibel silicone toetsenbord via usb. Dat is zeer handig want ik kan het gewoon oprollen en wegsteken als ik het niet gebruik. Of vanop afstand typen :P

Swoit, omdat het nog niet genoeg was kreeg ik deze week ook nog eens platte band. *Zucht* Vandaag moest ik dan met de bus naar 't school maar heb ondertussen de band al vervangen. Ik weet niet wat de maximum aan rustinnekes is voor een binnenband maar 4 vond ik toch genoeg om te mogen vervangen.

Voor de fans, de nieuwe CD van Mumford & Sons is geweldig goed! Die Britten kunnen er wat van! Hier een voorproefje van een leuke meezinger genaamd "I Will Wait". Ze hebben natuurlijk nog talloze andere plezante meezingers! Zeker de moeite om eens op te zoeken als je ze nog niet kent. Ik zou dolgraag eens naar een optreden van hun wille gaan, maar dat zal nog even duren denk ik zo.

Na een hele tijd op 5 snaren gespeeld te hebben heb ik toch maar mijn snaren vervangen op mijn Spaanse gitaar. Op zich had ik nog maar een keer snaren moeten knopen aan de brug van een klassieke gitaar. Die ene keer was dan nog wel voor mijn liefje ook :P Nu ging het goed voor de eerste 5 snaren tot de laatste en dunste snaar. Voor een of andere reden vond die snaar het plezant om los te springen aan de brug tijdens het op spannen. Je denkt "ooh dat valt wel mee." Maar ik verzeker je, je verschiet je een bult bij de eerste keer.

Verder is er niets echt speciaals meer gebeurt, het gewoonlijke dus zoals studeren, een dikke zoen voor mijn liefje en nog eens studeren.

De foto's van men kot volgen nog, misschien morgen als ik tijd vind (en mijn kamer heb opgeruimd :P )

Groetjes

aaah "rust"

Ondertussen kan ik er al bijna volledig mee lachen. Bijna? Ja omdat mijn thesis nog niet achter de rug is :P 

Ik heb wel hard gewerkt deze week en lange uren gedraaid om er voor te zorgen dat ik tijd heb om met de mentor te overleggen en te schrijven. 

Maandag is de dag begonnen met niet veel goesting. 'k was zelfs aan't twijfelen of ik nog een van mijn vakantiedagen zou gebruiken of niet. Ja mensen ik heb nog ongebruikte vakantiedagen. Erg vind je niet. En dat voor een stage. Die moet je toch opgebruiken. Tja te veel werk zeker. Maar  swoit, die dag heb ik, zoals ik het in mijn vorige post al gezegd had, 6u aan een stuk door gewerkt, geen tea-time genomen en geen lunch pauze. Ik had toen 6 goede titraties van de 8 tegen dat de werk dag erop zat. Die avond heb ik snel mijn (vorige) blogpost afgeschreven, heb nog wat opzoek werk gedaan en ben gaan slapen. 

Dinsdag was een rot dag. Niet al te veel goesting om op te staan en heb doorgewerkt, met veel problemen waardoor ik opnieuw moest beginnen met mijn titratie (zeer frustrerend halverwege een titratie), tot 13u40 om dan 15-20 min mijn lunch op te eten en verder te werken tot 18u20. Die dag deed ik 12 titraties waarvan 8 goede. Ik was gefrustreerd, mijn voeten deden zeer en ik mistte mijn liefje. Gelukkig heeft de goede babbel met haar me beter doen voelen. 

Woensdag/gisteren had ik er goesting in. Ik heb dan ook hard doorgewerkt om 's middags terug maar 20 min pauze te nemen en door te werken tot 19u15. Dus van 9u 's ochtends tot 19u15 met 20 min pauze. Die dag deed ik 8 titraties en 1 kinetische studie. De kinetische studie duurde wel twee uur :P maar dat was niet zo erg. Niemand was nog in het labo zelfs de mentor niet en kon ik dan rustig achterover naar een filmpje kijken terwijl ik de kinetische studie aan't doen was. :P Gaat dat zo maar? Tuurlijk een kinetische studie waarbij je alleen maar om de 5 min op een knopje moet duwen voor een meting en dan de gegevens omzetten in MS Excel is niet zo vermoeiend als continu rechtstaan en iets toevoegen, ergo een titratie. Gelukkig sluit het school zijn deuren pas om 22u, niet zoals in de KHL waar je bijna vast zit na 19u. (er is altijd wel een uitgang ergens)

Omdat ik zo hard gewerkt had de vorige dagen moest ik er vandaag maar 4 meer doen. 

De lezer: "Maar dan tel ik maar 26 goede titraties en je moest er toch 35 doen?"

B.: "dat heb je goed opgemerkt!" (lol waarschijnlijk niet) 

We hebben een paar metingen laten vallen omdat ze minder interessant waren. Eigenlijk heb ik er een anion bijgenomen in twee "oude" laten vallen. Dus origineel had ik er 6 x 5 = 35, nu heb ik er  6 x 4 = 24 + 2 (de twee ouden voor 1 van mijn stoffen)

Met andere woorden vandaag heb ik voor de eerste keer deze week een lange lunch pauze kunnen nemen en tea-time in de namiddag, Joepie!

Nu nog hopen dat het schrijven goed gaat vlotten en dan zal alles hopelijk goed komen. 

Ondertussen is er al 1 van de 3 kotgenoten vertrokken. 

De ene overblijvende vertrekt ofwel vandaag ofwel samen met de ander morgen. Dus dit weekend zit ik eindelijk volledig alleen. Score! 

Maar goed ook want studeren doen ze hier precies niet echt. Ik hoor nog veel te veel feestjes tijdens de blok en de examens. Vreemde studenten hier. 

Ach swoit,

Het gaat dus al beter me mij. De resultaten dat ik nu heb zijn logischer en betrouwbaar. Ik ben blij en de mentor ook. 

Dan sluit ik de blogpost af met een liedje dat ik geweldig goed vind (zeker die trompet, zalig!) en hopelijk jullie ook. 

THePETEBOX Future Loops beatbox Album Track 4 Loop Pedal - Panther Dance

Groetjes vanuit Ierland

Chemie met de zweep

In het labo zijn er heus wat toestellen die ik vaak moet gebruiken maar wat is het toestel dat ik het meest moet gebruiken in het labo? Enig idee? Denk maar eens goed na. het antwoord staat onderaan mijn blog.

Maar eerst iets anders: (tenzij je het niet kan laten :P)

De collega's zeggen hier allemaal dat mijn mentor zijn studenten met de zweep doet werken omdat wij veel in het labo staan. Natuurlijk is dat maar een grapje en lachen we er mee. Maar sinds kort is mijn mentor naar The Big Bang Theory aan't kijken en had hij een aflevering gezien met iets dat hij moest hebben. (zie hieronder een kleine compilatie van deze aflevering, youtube filmpje)

Telkens als mijn mentor me ziet, geeft hij met zijn GSM (en App) een paar "zweepslagen" naar mij. We liggen altijd strike van het lachen. Best wel komisch en wou dat even meedelen :P

Deze laatste weken is het bijna overal in Europa slecht weer. In Frankrijk waren er tornado's in Toulouse de 29ste april (zie hier) en in andere landen gewoon slecht weer tot zelfs sneeuw in Finland de 20ste april. (zie hier)

Hier in Ierland is het niet veel beter, veel wind en regen. Maar gisteren was het een ware verrassing toen ik opstond. De zon scheen en het was echt kei warm. In mijn t-shirt naar het school kunnen stappen. (spijtig genoeg ook een lange broek want een korte mag ik niet dragen in het laboratorium)

Die avond had ik een mooi uitzicht van op mijn kot. Dus trok ik een foto. Sorry van de kwaliteit maar ik kon niet vanuit mijn raam trekken dus is het achter glas getrokken.

Spijtig genoeg was het goed weer van korte duur en vandaag is het dan ook weer somber weer. Regen, wind en bewolkt. 

Het toestel dat ik het meest moet gebruiken in het labo is een haardroger. Jaja, de kale man moet de haardroger het meest gebruiken. Waarom? Ik gebruik DMSO (Dimethyl sulfoxide) als solvent voor veel applicaties en DMSO heeft een smeltpunt/vriespunt tussen de 16 en 19 graden celsius in >99% droge vorm (dus zo goed als geen water aanwezig). 

Zijnde in Ierland met een niet al te hoge kamertemperatuur het hele jaar door is mijn DMSO meestal bevroren en moet ik elke dag deze terug ontdooien met de haardroger. Sommige dagen moet ik met een NMR buisje gevuld met staal (solvent is DMSO) naar de NMR kamer maar om er te geraken moet ik eerst naar buiten (voor nog geen 10 meter) en is mijn staal al bevroren tegen dat ik terug binnen ben :( In dat geval ligt er dan een hitte geweer in de NMR kamer om je staal te ontdooien (wel oppassen dat je je NMR buis sluitingsdopje dan niet smelt, wat hier nog niet gebeurt is hoor *kuch kuch*).

Dit geldt ook voor de gedeutereerde vorm (DMSO-d6), dat wil zeggen dat alle protonen/waterstoffen (¹H ook wel gekend als protium maar dit wordt niet veel gebruikt) omgezet zijn naar hun zwaardere variant deuterium (²H of D). Deuterium is een isotoop van waterstof en dit wil zeggen dat het 1 neutron meer heeft dan waterstof. Hieronder heb ik snel de reactie getekend voor de omzetting van DMSO naar DMSO-d6.

Het is een lastige reactie waarbij DMSO in zwaar water (D₂O) wordt verwarmd in de aanwezigheid van bevoorbeeld calciumoxide (CaO) als katalysator. Het gevormde water (H₂O) moet telkens afgetapt worden om het evenwicht (wet van Le Chatelier) terug naar rechts te doen verschuiven waardoor er meer gedeutereerd DMSO wordt aangemaakt.

Waarvoor gebruik je zoiets? Wel ik gebruik DMSO-d6 voor de NMR. Omdat de NMR o.a. kijkt naar waterstoffen/protonen en hun (energie) interacties met elkaar en andere atomen is het niet handig om een solvent te hebben dat ook nog waterstoffen heeft. Dit zou voor storingen zorgen vanwege de interacties tussen solvent en het te onderzoeken molecuul/staal. Het solvent heeft uiteraard nog signalen opzich maar veel minder dan een niet-gedeutereerd solvent. In het geval van DMSO-d6 is dit enkel een quintet rond 2.4 ppm wat uit mijn gebied van interesse voor mijn stalen ligt en dus niet interfereert met andere signalen.

Er bestaat ook nog tritium (³H of T) en deze heeft 2 neutronen meer dan waterstof (¹H).

Dus als samenvatting:

¹H: protium of beter gekend als waterstof of een proton

²H of D: deuterium

³H of T: tritium

Hopelijk was het interessant en hebben jullie lezers iets bijgeleerd.

Hoe isotopen worden gemaakt of hoe een NMR werkt zal ik een andere keer wel uitleggen. Het was al genoeg leerstof voor vandaag :P

Groetjes vanuit Ierland