Open source & Avogadro

Een tijdje geleden kwam mijn zus af met een lezing op Fosdem over "Tools for Computational Chemists". Uiteraard ben ik een al oor, zeker als het gaat over Open Source en Chemie. De lezing zelf ben ik niet gaan volgen omdat het waarschijnlijk toch over developing ging en ik daar geen snars van begrijp. 

Toch ben ik opzoek gegaan naar de inhoud en stootte op een leuke vondst. De personen die de lezing kwamen geven hadden een website genaamd Open Chemistry en daar vond ik veel informatie. Zij hebben ondertussen een programma geschreven, Avogradro, om molecules te tekenen, berekenen enz. 
"Avogadro is an advanced molecule editor and visualizer designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. It offers flexible high quality rendering and a powerful plugin architecture." 

Het is een geweldig programma en ik kan het alleen maar aanmoedigen om verder te doen. 

De meeste programma's waar je dit mee zou kunnen doen kosten stukken van mensen. Vaak krijg je die met korting als je werkt voor een bedrijf of zelfs stage doet maar dan nog kost het veel. 

Ik doe alvast mijn taak en dat is het woord verspreiden omdat veel chemici en vooral studenten onder ons dit wel kunnen gebruiken.  

Hier zijn enkele filmpjes om een beeld te krijgen wat je er mee kan doen:
- Voor de koffie junkies onder ons: het tekenen van een cafeïne molecule

Voor de meer (ingewikkelde) filmpjes en functies zoals voor energie-, frequentie-, optimalisatie-, single point, ... berekeningen (zaken die ik op school heb moeten doen) kan je hier terecht link.  

Voorbeeld: "A typical set of GAMESS calculations"

uitleg: "In this post I show the sequence of GAMESS calculations necessary to compute the free energy of the water dimer molecule at the B3LYP/6-31G(d)//PM3 level of theory. This notation means that the geometry and the free energy contribution is obtained with PM3, while the electronic energy is computed using B3LYP/6-31G(d) and the PM3 geometry. (By default the free energy is computed at 298.15 K and 1 atmosphere pressure.)"

Het is redelijk ingewikkeld, dus wil ik er niet eens aan denken om het uit te leggen. Misschien na mijn examens als alles goed verlopen is.

Groetjes

15 minutes of shame

hahahahahahahahahahahhahahahahahaha...... *even bijkomen en* hahahahahhahahahahhahahahahahhahahahhahahahahaaaaaa.....

Het is toch niet waar zekers. Na al die jaren heb ik perongeluk het filmpje gevonden waar ik mee op TV ben geweest. 

Aanschouw (ik begin te spreken vanaf 1min. 15sec.):

Het gaat over de Eurekas. Een Wetenschapscommunicatieproject. In het schooljaar van 2007 en 2008 namen mijn vriendin en ik deel aan dit project. Samen met nog een paar andere goede vrienden. 
Het ging zelfs zo goed dat we het origineelste experiment hadden en een prijs wonnen.
"De Award voor het origineelste experiment ging naar het Don Bosco Instituut in Haacht met Al blazend zuigen. Tijdens de presentatie toonden zij hoe je toch al blazend kan zuigen. Dat het niet zo eenvoudig was, bleek toen ze een van de toeschouwers hun uitvinding lieten proberen. De volgende uit het publiek was wel erg jong maar had gelukkig veel adem zodat iedereen kon zien hoe het ping pong balletje zweefde door te blazen."

Te grappig gewoon:

Foto's van de Eurekas Awards van 2007-2008 

een stuk van de "uitleg" van onze proef staat ook nog online. (hierzo)

Het is echt een stukje geschiedenis uit mijn leven en mijn schatje weet waarom!
Love you!!


groetjes

SI eenheden

Een tijdje geleden sprak ik met een collega op 't werk over wetenschap en filosofie. Ik bracht nog eens het onderwerp aan over de standaard kilogram en meter. Iets waar ik al eens over schreef in de post "Ingewikkeld maar ontward". Sinds ik dat schreef heb ik me al veel afgevraagd waar die dingen eigenlijk zijn, wie ze bewaard en hoe. Na even opzoeken ben ik tot wat interessant gekomen. 
Het Bureau international des poids et mesures (BIPM) gevestigd in Pavillon de Breteuil in Sèvres, Frankrijk, huisvest de zeven basis SI eenheden (Système International d'Unités) zijnde:

Afbeelding gehaald van http://nl.wikipedia.org/wiki/SI

• Ampére (A): meeteenheid van elektrische stroom
• Kilogram (kg): meeteenheid van massa
• Meter (m): meeteenheid van lengte
• Seconde (s): meet eenheid van tijd
• Kelvin (K): meeteenheid van thermodynamische temperatuur
• Mol (mol): meeteenheid van de hoeveelheid stof/substantie
• Candela (cd): meeteenheid van lichtsterkte

Deze eenheden spelen allemaal een zeer belangrijke rol in ons leven. Daarom worden ze ook onder zeer goede condities bewaart en mee om gegaan. Ook zijn er af en toe veranderingen. Zoals al eerder vermeld in een post, kwam de kilogram aan het licht toen ze het getal van Avogadro gingen onderzoeken. De eenheid voor de meter is ook verandert sinds 1960. Het is geen "stok" meer gemaakt van 90% platina en 10% iridium met inkepingen om de meter te bepalen. Het is nu gebaseerd op de afstand dat licht aflegt in vacuum gedurende een tijdsinterval van 1/299 792 458 van een seconde. Dit zou stabieler moeten zijn. Want materie, zoals het prototype van de kilogram, kan oxideren, vuil worden, instabiel worden en reacties ondergaan, massa verliezen of bijkomen, noem maar op, er kan van alles mee fout gaan.

Op de website van BIPM kan je veel informatie vinden. Ik zal kort zeggen hoe het nu gemeten wordt. Sorry voor de mensen die niet goed Engels verstaan.

• "The metre is the length of the path travelled by light in vacuum during a
  time interval of 1/299 792 458 of a second."
• "The kilogram is the unit of mass; it is equal to the mass of the
  international prototype of the kilogram."
• "The second is the duration of 9 192 631 770 periods of the radiation
  corresponding to the transition between the two hyperfine levels of the
  ground state of the caesium 133 atom."
• "The ampere is that constant current which, if maintained in two straight
  parallel conductors of infinite length, of negligible circular cross-section,
  and placed 1 metre apart in vacuum, would produce between these
  conductors a force equal to 2 × 10−7 newton per metre of length."
• "The kelvin, unit of thermodynamic temperature, is the fraction 1/273.16 of
  the thermodynamic temperature of the triple point of water."
• 1. "The mole is the amount of substance of a system which contains as many
  elementary entities as there are atoms in 0.012 kilogram of carbon 12; its
  symbol is “mol”."
  2. "When the mole is used, the elementary entities must be specified and may be
  atoms, molecules, ions, electrons, other particles, or specified groups of
  such particles."
• "The candela is the luminous intensity, in a given direction, of a source
  that emits monochromatic radiation of frequency 540 × 1012 hertz and that
  has a radiant intensity in that direction of 1/683 watt per steradian."

(informatie uit "si_brochure_8_en.pdf" gevonden op http://www.bipm.org/ 14/02/2013)

Er is nog veel meer informatie terug te vinden op de website en in de brochure van het BIPM voor geïnteresseerde die wat meer uitleg willen over de procedures, wetgevingen, ... .
Natuurlijk zijn er ook andere websites die het ook super goed uitleggen zelfs met filmpjes. Zoals de National Physical Laboratory (NPL) van Great Britain dat kopieën van de prototypes bewaart en bestudeert. 
Bijvoorbeeld de meter (en ook de rest zie hierzo) in het Engels, sorry.

Ik hoop dat het interessant was om te lezen. 

Groetjes

Het hangt!

Ons Periodiek Systeem der Elementen (PSE ook wel gekend als de Tabel van Mendeljev) hangt op zijn plaats. Boven mijn bureau op kot :D
En zoals ik gezegd had ging ik foto's trekken eens het omhoog hing. Dus bij deze, foto' van mijn kot. 

De slaap plaats, best gezellig.

Achter het gordijn aan de rechterkant is een kleerkast/berging

Zes velux ramen en als het sneeuwt zie ik niets meer.

Mijn keuken, niet te groot en niet te klein. En geloof me maar hier is al veel zelf gekookt en niet gewoon opgewarmd in de microgolf/oven.

Ons PSE net gestreken en opgehangen.

Het PSE heeft een tijdje boven mijn trap gehangen omdat er al een haakje in de muur stak. Maar nu hangt hij op zijn plaats. Ik ben er trots op!

Lekker warm gekleed

De warme, zachte pull van Chemika is toegekomen. Joepie, ik kan me weer warm kleren :P
Chemika is de studentenkring van Chemie en Biochemie & Biotechnologie. Het is een plezante groep met veel activiteiten en kortingen.

 

 Het wapenschild van chemika:

"Het verenigingsschild heeft de vorm van een heraldisch Vlaams gedeeld schild. Het rechterveld is dubbel geschuind van links, met de kleuren azuur, zilver, azuur, met daarop het monogram oftewel zirkel van Chemika in sabel. Het linkerveld heeft een achtergrond van sabel met daarop in zilver een alambiek, een klassieke destilleerkolf. In het zirkel kunnen we de letters V, C en F terugvinden. V van Vivat, C van Crescat en F van Floreat. De C kan men ook voor de C van Chemika aanzien. Zo krijgt men Vivat, Crescat et Floreat Chemika, oftewel Leve, Groeie en Bloeie Chemika. Deze spreuk werd traditioneel onder de communicatie van de kring, zowel intern als naar buiten toe, gebruikt en geplaatst." tekst en afbeelding gehaald van http://www.chemika.be/historiek

De rest van de geschiedenis is ook terug te vinden op de website van Chemika.

Er was ook een T-shirt te verkrijgen met het Chemikaschild in't klein en oranje op de voorkant en een grappige tekst op de achterkant. Aanschouw hier.

 

Niet slecht *grijns*

Groetjes

Sock Blockers

Ik had het nooit gedacht dat het ging lukken, maar het lang verwachte project voor ons moeder is eindelijk af. Zoals de titel al verklapt zijn het Sock Blockers. Wat is het? Het is een manier om je zelf gebreiden kousen mooi (opgevuld) te presenteren. 
Dit was/is een project van lange duur (spijtig genoeg). Maar een lange tijd geleden was ik grenenhout gaan halen bij de houtzager, heb voetvormen getekend en ben begonnen met een vorm uit te zagen met de wip zaag (figuur zaag). Hierna was er een periode van veel schuren met verschillende korrelgrootte en het opzoeken van een creatieve twist om het op te fleuren. Toen is het stil gevallen omdat het idee van de creatieve twist misschien een beetje vergezocht was en de ervaring met hout ook ver te zoeken is bij mezelf. Ik dacht een leuke figuur of naam in het hout te branden. Om dit te doen is het gebruik van houtbranders best interessant. Maar zoiets verkrijg je niet zomaar zonder er veel geld naar te gooien en dat vond ik wat spijtig. Dus heb ik geopteerd voor een goedkope methode, de "cheap-ass" soldeerbout. Uiteraard was dit niet zonder risico's en heb ik even moeten oefenen voordat ik mijn mooi stuk hout ging verknoeien. 
Uiteindelijk heb ik de stap genomen, nudat ik even tijd heb, om het af te maken. Iets opzoeken, uitknippen en -tekenen om dan met een vaste hand te werk te gaan. 

En ja hoor ik ben zeer trots op mijn eerste creatie. Hou in het achterhoofd dat ik vroeger niet veel met hout heb gewerkt en nog nooit aan houtbranden heb gedaan laat staan dan nog eens met en soldeerbout waarvan de bout waggelt  =P

Aanschouw mijn resultaat

Nu moet het nog goedgekeurd worden door de toekomstige eigenares, vernist en gebruikt worden, maar dat zal wel op haar blog te zien zijn  =D

Om toch een voorbeeld te geven met een paar legendarisch oude kousen dat ik van mijn oma kreeg. (Love you grandma!)

Presentatie zonder een sock blocker!!!!!!!!!

Presentatie met de sock blocker

Het is duidelijk dat kousen presenteren met sock blockers vereist is!

In de toekomst zal nummer twee er ook aankomen, en dan zullen misschien verschillende maten komen. Ook zit er nog iets anders in mijn achterhoofd maar dat laat ik nog niet los. 

Zo zo, ik hoop dat jullie het ook geslaagd vinden.

Groetjes
Bert